合肥工业大学的优势专业包括机械工程、土木工程、计算机科学与技术、化学工程、材料科学与工程等。这些专业在教育部门的专业评估中获得了很高的评分，并且具有较高的知名度和就业前景。
具体到系部，电气与自动化工程学院的计算机与信息学院、机械与汽车工程学院的机械设计制造及其自动化专业、土木与水利工程学院的土木工程专业等，都是合肥工业大学的王牌专业。
选择哪个系最好，取决于您的个人兴趣和职业规划。建议您根据自己的兴趣和未来的职业发展方向，综合考虑专业的排名、学科优势、就业前景等因素，做出适合自己的选择。
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